Преподобный Стефан Комельский чудотворец принадлежит Собору Вологодских святых.
С его именем тесно связана история Горне-Успенского женского монастыря города Вологды.
В 1860 году Священный 
Синод определил: находящуюся в запустении «бесприходнуюОзерскую церковь, в нижнем этаже которой почивают под спудом мощи преподобного Стефана Комельского чудотворца… со всеми её угодьями и имуществом причислить к вологодскому Успенскому девичьему монастырю… относительно дальнейшего её существования и будущего её устройства».
Церковь Святителя Николая – всё, что осталось к тому времени от монастыря Стефана Комельского, основанного преподобным в начале XVI века на берегу лесного озера. Никольская обитель была создана и достойно обустроена по благословенной грамоте митрополита Даниила и на «обильную милостыню» от великого князя Василия Иоанновича, полученную монахом при поставлении его в игумены монастыря. До маститой старости подвизался преподобный в устроении обители,наставлении и воспитании братии.
Святость преподобного ознаменовалась многими чудесами и исцелениями при жизни и после кончины его 12 июля 1542 года.
После смерти преподобного Стефана, в том же 1542 году, обитель была разорена татарами. Трудами братии и крестьян Никольский монастырь отстроили заново и он безбедно жил ещё более 200 лет. В ходе Секуляризационной реформы 1764 года, проведённой императрицей Екатериной II, монастырь преподобного Стефана Комельского был упразднён, как и большая часть монастырей России, и почти век находился вне своего первоначального назначения.
После передачи бесприходного храма Горне-Успенскому женскому монастырю наместе подвигов преподобного Стефана Комельского чудотворца «водворилось женское иночество; из мирского пристанища при Озерской церкви стало постепенно образовываться иноческое отишие».
По свидетельству современника:
Возобновление запущенной пустыни, приведение её в настоящий, можно сказать, цветущий вид, водворение в ней монастырских порядков всецело принадлежит нынешней настоятельнице игумении Сергии. Она в короткое время умела изыскать весьма значительные средства, расположить благотворителей к ценным жертвам, так что, всматриваясь ближе во всё, несомненно воочию замечаешь дивную помощь преп. Стефана, воздвигшего особенно благопотребного человека к поднятию его древней, клонившейся к упадку, обители.
Начиная с часовни, дорога в обитель, стоящая более 100 рублей, ограда, корпуса для сестёр и настоятельницы, овин, каретник, улучшение хозяйства, а главное благолепие церквей, устройство и украшение нижнего храма и раки преподобного, введение монастырских порядков за службой и трапезой, - всё это следы благотворной деятельности нынешней настоятельницы.
Её усердие на пользу пустыни усмотрело Епархиальное начальство. В 1896 г. 29 Января указом Вологодской Духовной Консистории за №624 объявлена ей архипастырская благодарность за благоустройство, чистоту и порядок, усмотренные Его Преосвященством, Преосвященнейшим Алексием, при обозрении Николаевской Озерской пустыни.
Ощутительно сказывается благотворное влияние выросшей обители на окружающее население: с утешением стекаются в церковь в воскресные и праздничные дни окрестные жители, особенно в зимнее время, услаждаясь приятным женским пением и монастырскими порядками; при каждом удобном случае высказывают свою благодарность за устроение вблизи их иноческого отишия.
Через посещение обители более и более навыкают они с горячею мольбой возноситься к своему, прежде забытому, небесному покровителю преподобному Стефану, чудодейственная помощь которого, записывается не на хартиях, а на скрижалях благодарных сердец их».
А.Лебедев «Успенский женский монастырь в г. Вологде и приписная Николаевская Озерская пустынь» 1899 г.
